Сравнительные исследования детей, родившихся в результате ЭКО, подтверждают, что в этой группе несколько выше уровень врожденных аномалий и пороков развития. В систематическом обзоре и метаанализе (2018 год), в котором были обобщены данные 46 исследований с участием 112,9 тыс. детей, рожденных с помощью ВРТ-технологий, и 4,4 млн детей, рожденных после естественного зачатия, удалось установить, что риск врожденных дефектов в группе детей после ЭКО выше на 1,4%.
Имеются также данные о повышении у них риска хромосомных заболеваний. Хромосомные аномалии после ИКСИ выше, чем в общей популяции: 1,6% против 0,5%. Эти риски связаны не с самой программной ЭКО, а с возрастом и аномалиями кариотипа родителей.